Kolejnym etapem procesu naliczania i zatwierdzania opłat nawigacyjnych, będzie przekazanie Prezesowi ULC, podstawy kosztowej opłat nawigacyjnych.
W przypadku nawigacyjnych opłat trasowych regulatorem zatwierdzającym ich wysokości jest Centralne Biuro Opłat Trasowych (CRCO) „EUROCONTROL” Instytucją pośredniczącą w przekazaniu danych oraz sprawującą urzędową kontrolę nad prawidłowością przedstawionych kalkulacji (baz kosztowych) jest Urząd Lotnictwa Cywilnego
W przypadku nawigacyjnych opłat terminalowych (TNC) regulatorem zatwierdzającym stawki jednostkowe jest Prezes Urzędu Lotnictwa Cywilnego, który czyni to po dokonaniu weryfikacji podstaw kosztowych opłat terminalowych pod kątem zgodności z przepisami prawa, w szczególności Rozporządzenia nr 1794/2006/WE.