Audit potwierdził, że Zintegrowany System Zarządzania Jakością i BHP, wdrożony i certyfikowany w grudniu 2005 r. w Agencji Ruchu Lotniczego, funkcjonującej wówczas w strukturach P.P. „Porty Lotnicze”, po powołaniu Polskiej Agencji Żeglugi Powietrznej, został dostosowany do aktualnej struktury i jest zgodny z wymaganiami norm PN-EN ISO 9001:2000 oraz PN-N 18001:2004.
Zakres certyfikatów PN-EN ISO 9001:2000 oraz PN-N 18001:2004 obejmuje: zarządzanie ruchem lotniczym (ATS, ASM, ATFM), zapewnienie służb CNS (Łączności, Nawigacji, Dozorowania) w zakresie badań i rozwoju, wdrożenia, utrzymania i obsługi infrastruktury, wyjaśnianie incydentów ATM, loty kontrolno-pomiarowe, obsługę techniczną samolotów L 410 oraz szkolenie personelu ATM.
Obecnie trwają prace nad rozszerzeniem istniejącego ZSZ o System Zarządzania Środowiskowego zgodny z wymaganiami PN-EN ISO 14001:2004.