W zakresie współpracy międzynarodowej głównym celem Polskiej Agencji Żeglugi Powietrznej jest realizacja celów strategicznych, operacyjnych i rozwojowych poprzez aktywne włączenie w prace różnych grup, inicjatyw oraz zrzeszeń międzynarodowych.

Dzięki członkostwu w najważniejszych lotniczych organizacjach międzynarodowych, takich jak ICAO, EASA, CANSO i EUROCONTROL, aktywnej współpracy z Komisją Europejską i Network Managerem, pracom nad rozwojem Jednolitej Europejskiej Przestrzeni Powietrznej (ang. Single European Sky) i udziale w projektach SESAR Deployment Manager oraz SESAR Joint Undertaking, a także uczestnictwu w kluczowych inicjatywach podmiotów zarządzających ruchem lotniczym, takich jak A6 Alliance, GATE ONE, B4 Consortium oraz szerokim kontaktom bilateralnym, PAŻP aktywnie wpływa na obecny oraz przyszły kształt europejskiego sektora zarządzania ruchem lotniczym.