Polska Agencja Żeglugi Powietrznej, kalkulując swoje opłaty nawigacyjne, zrównuje cenę swoich usług – kosztom ich wytworzenia. Sposób kalkulacji tych opłat regulują przepisy Rozporządzenia Ministra Transportu z dnia 15 maja 2007 roku w sprawie opłat nawigacyjnych, oraz Rozporządzenia Komisji (WE) nr 1794/2006 z dnia 6 grudnia 2006 roku, ustanawiającego wspólny schemat opłat za korzystanie ze służb żeglugi powietrznej.
Porównanie stawek jednostkowych (unit rate) trasowej opłaty nawigacyjnej w kwietniu 2009 r. (EUR)
Od początku 2009 roku stawka jednostkowa opłaty trasowej wyrażona w PLN wynosi będzie 140,70 PLN. W 2008 roku stawka jednostkowa opłaty trasowej wynosiła 153, 35 PLN. Jej wartość wyrażona w złotych jest stała. Zgodnie z regulacjami EUROCONTROL stawka jednostkowa opłaty trasowej jest przeliczana, co miesiąc przy zastosowaniu średniego miesięcznego kursu wymiany EUR na PLN z miesiąca poprzedzającego miesiąc, w którym został wykonany lot. W związku z powyższym wysokość stawki jednostkowej publikowanej i ogłaszanej w EUR jest różna w zależności od miesiąca. W styczniu 2009 r. stawka jednostkowa trasowej opłaty nawigacyjnej wynosiła 41,95 EUR. Europejska średnia wartość stawki jednostkowej trasowej opłaty nawigacyjnej wynosi 49, 14 EURO.